En 1901, quatre expéditions établissent d'un commun accord un vaste programme et partent pour l'Antarctique:
      - l'anglaise, celle de la Discovery, commandée par le Capitaine Scott,
      - l'allemande, celle du Gauss, commandée par le Dr von Drygalski,
      - la suédoise, celle de l'Antarctic, commandée par le Dr Nordenskjöld,
      - l'écossaise, celle de la Scotia, commandée par le Dr Bruce.

Parti de Brest en août 1903, le bateau arrive à Ushuaia en janvier 1904. Puis, c'est le départ pour l'inconnu. Pendant la période d'été austral 1904, Charcot relève les grandes îles qui séparent le Détroit de Gerlache du Pacifique, longeant la Terre de Graham jusqu'aux îles Biscoe. Mais à partir de la fin de février, il faut chercher un lieu d'hivernage. Charcot le découvre à l'île Wandel et là, c'est l'immobilité durant 9 mois mais une immobilité active pendant laquelle des observations scientifiques sont poursuivies régulièrement malgré d'effroyables conditions climatiques.

A la fin de l'hivernage en décembre 1904, le Français poursuit sa route vers le sud. Les observations reprennent. Mais la navigation devient de plus en plus difficile dans le mauvais temps, au milieu des icebergs qui menacent à tout moment d'écraser le bateau. Le 15 janvier 1905, le Français donne sur une roche à fleur d'eau et l'eau s'engouffre dans la cale par une déchirure importante. Il n'est désormais maintenu à flot que par l'usage presque constant des pompes. C'est une tâche épuisante pour l'équipage. Impossible de poursuivre la mission, il faut à présent essayer de rentrer.

En mars 1905, la Mission retrouve les terres habitées en Patagonie puis c'est le retour triomphal en France en juin, avec l'accueil officiel des plus hautes autorités.

Les résultats de la mission sont impressionnants : 1000 km de côtes nouvelles reconnues et relevées, 3 cartes marines détaillées, 75 caisses d'observations, de notes, de mesures et de collections destinées au Muséum d'Histoire Naturelle de Paris.

Ces chiffres expriment mal l'abondance des découvertes et des connaissances nouvelles réalisées dans les domaines les plus variés. Il faut cependant souligner le très important travail effectué pour identifier, positionner, éclaircir, confirmer ou éliminer des connaissances antérieures fragmentaires, parfois contradictoires et souvent erronées, portant sur des régions dont l'accès et le climat difficiles ont interdit pendant des siècles toute pénétration humaine. Il convient aussi d'observer que Charcot, grâce à ses qualités personnelles exceptionnelles, sur le plan technique comme sur le plan humain, a su ramener par ses seuls moyens, sur son propre navire, son équipage au complet, malgré les innombrables dangers qui l'ont continuellement menacé pendant plus d'une année passée au milieu des glaces.