L'année 1925 inaugure pour Charcot, comme pour son cher Pourquoi-Pas ?, la dernière période de sa vie et de son activité de marin, entièrement consacrée maintenant à l'Arctique.

Depuis son deuxième retour de l'Antarctique en 1910, il éprouve la nostalgie des glaces où il a fait naguère un rude apprentissage et dont il a acquis une connaissance approfondie. Cette connaissance, il va maintenant l'appliquer au bénéfice de nombreuses équipes scientifiques françaises et étrangères dans les mers difficiles qui baignent les terres arctiques.

Premier Français à pénétrer sur la côte orientale du Groenland, Charcot se passionne pour ce pays. Elu à l'Académie des Sciences en 1926, celle-ci lui confie une mission à la Terre de Jameson. Grâce à la présence à bord du Pourquoi-Pas ? du grand explorateur danois Mikkelsen, embarqué aux îles Féroé, Charcot passe par Jan Mayen puis explore la côte orientale du Groenland et ramène notamment une abondante récolte de fossiles et de nombreux échantillons d'insectes et de flore.

En 1928, le grand explorateur norvégien Roald Amundsen disparaît à bord du gros hydravion français "Latham 47", envoyé à la recherche du général italien Nobile parti survoler le pôle nord à bord du dirigeable "Italia" et dont on est sans nouvelle. Pour réaliser le sauvetage du "Latham 47", la coopération du Pourquoi-Pas ? est retenue mais cela devient vite une affaire politique internationale et la France envoie aussi le croiseur Strasbourg pour diriger les manœuvres. Le Pourquoi-Pas ? sillonne vainement les mers arctiques à la recherche de rescapés. Les corps ne seront jamais retrouvés.

A partir de 1930, avec le concours de l'Académie de Marine, qui l'a reçu en 1929, du Bureau des Longitudes et de l'Académie des Sciences, Charcot prépare l'Année Polaire Internationale. La campagne de l'été 1931 est consacrée à l'implantation et l'organisation de la station du Scoresby Sund avec le concours de scientifiques, des autorités danoises locales et de la main d'œuvre du pays. L'année passée au Scoresby Sund par les membres de la Mission polaire, de 1932 à 1933, atteint les deux buts visés par Charcot : la France ne s'est pas dérobée à une entreprise scientifique internationale et la Marine, en contribuant à l'exécution de grandes opérations scientifiques, a prouvé qu'elle maintient ses traditions.

En 1934, Charcot installe au Groenland la mission ethnographique dirigée par Paul-Émile Victor, qui séjourne pendant un an à Angmagssalik pour vivre au milieu d'une population eskimo. L'année suivante, le Pourquoi-Pas ? vient rechercher Victor et ses trois compagnons (Gessain, Pérez et Matter) et poursuit l'établissement d'une cartographie encore incertaine de ces régions.

Le 16 septembre 1935, un véritable cyclone ravage les côtes de l'Islande et le bateau parvient à se réfugier dans un petit port irlandais. Cet avertissement marque probablement l'esprit de Charcot, car c'est un homme plus grave et plus pessimiste qui prépare la campagne de l'année suivante